1985年夏天，年仅18岁的巴乔被意甲老牌金劲旅佛罗伦萨相中，并以27亿里拉的转会费将其招致麾下。不过在前往紫百合之前，巴乔在比赛里半月板等多处部位被严重铲伤，最终做手术缝了超过220针。从那时起，巴乔就成为了用一条半腿踢球的球员。为巴乔做手术的医生甚至表示，许多球员如果做过巴乔的手术，那么他们大多都会选择直接退役。也因为伤病的原因，初到佛罗伦萨的巴乔休养了整整18个月，错过了佛罗伦萨的第一个赛季。
86到87赛季，巴乔首次参加了代表佛罗伦萨出战桑普多利亚队的比赛，这是他首次在意大利甲级联赛上亮相。然而，巴乔在之后训练中右膝盖半月板再度受伤，以至于不得暂时休养。同年12月，巴乔在训练赛中右膝盖又再次受伤。而后当地最权威的医生成功的给巴乔做了外科手术，使得他能够继续自己的足球生涯。整个赛季，巴乔代表佛罗伦萨俱乐部在意甲联赛中仅仅出场5次，打进1球。因为伤病，初登意甲的巴乔经历了足球生涯中的第一次低潮期。也是在受伤期间，巴乔感觉到了迷惘和空虚之后便开始信仰佛教。从那时开始，巴乔每天至少会打坐念经1个小时，打坐让巴乔培养了极佳的耐心，他足球生涯的高命中率绝非偶然，冷静、耐心和坚强的毅力才成全了日后的一代巨星。
新赛季开赛，有了佛教加持的巴乔开始慢慢恢复。当赛季意甲第二轮，巴乔在比赛的第78分钟打进了锁定胜局的一球，帮助佛罗伦萨2比0战胜当时拥有荷兰三剑客的AC米兰。之后的意甲最后一轮，巴乔在比赛的第31分钟再次为球队首开纪录，帮助紫百合2比1挑落尤文图斯。整个87到88赛季，巴乔代表佛罗伦萨在意甲联赛中出场27次，打进6球。下个赛季，巴乔开始真正有一个较为健康的赛季。赛季初，巴乔为佛罗伦萨踢了一场对罗马的联盟杯资格附加赛，从而夺得下赛季赛季参加欧洲联盟杯的资格。整个88到89赛季，巴乔代表佛罗伦萨在意甲联赛中出场30次，打进15球，出色的表现让巴乔一跃成为紫百合球迷的宠儿。
时间来到89到90赛季，欧洲球迷第一次见证到了忧郁王子的魅力。当赛季欧联杯8分之1决赛，巴乔在比赛的第78分钟打进了全场比赛唯一进球，最终帮助紫百合1比0战胜基辅迪纳摩，这也是巴乔在欧战的首粒进球。之后的意甲第12轮，巴乔在比赛中再度上演了帽子戏法，率领球队以5比1横扫对手。在最终的欧联杯决赛上，巴乔数次制造威胁，力挽狂澜，虽然两回合决赛皆首发出场，但佛罗伦萨还是大比分1比3落败，收获当赛季欧联杯亚军。整个89到90赛季，巴乔代表佛罗伦萨在意甲联赛中出场32次，打进17球，在欧洲联盟杯中出场12次打进一球。
健康的巴乔在意甲爆发，让他成为紫百合军团最令人兴奋的球星。也正是因为此，意甲豪门尤文图斯在1990年夏天以当时创纪录的1200万英镑的身价签下巴乔。佛罗伦萨球迷在得知巴乔转会的消息后，他们连续两天走上大街抗议巴乔的转会。毕竟对于巴乔的离队，佛罗伦萨的球迷实在是难以接受，虽说佛罗伦萨肯定留不住这位日后巨星，但没有人愿意放他去尤文图斯，巴乔自己更不愿意，但是媒体和球迷普遍认为巴乔是为了金钱而转会，因为尤文图斯将他的薪水提高了整整三倍。新赛季在看到巴乔穿着黑白球衣之后，他的背叛就像一把匕首刺进了佛罗伦萨球迷的心脏，这笔交易也为日后与尤文图斯之间的竞争提前写下了暴风雨般的篇章。
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